Университетская горка, или Харьковское городище до момента заселения представляло собой заросший лесом холм, изрытый с разных сторон балками и расположенный в междуречье Лопани и Харькова. По межевой книге 1644 года все земли южнее междуречья принадлежали городу Чугуеву и служилым людям, проживающих в нем. Все земли севернее относились к Белгородскому поместному полку и были пожалованы Белгородскому Никольскому собору. В 1646 году мы видим, что на территории будущей крепости города Харькова священнослужители устраивают скит. Здесь на холме в течение весны-осени проживают экономические крестьяне принадлежащие соборным священникам. Они занимались рыболовством, бортничеством, охотой, выпасали скот. С 1648 года у Белгородской криницы была основана слободка экономических крестьян, которых было в наличии 105 человек. Поселение распространялось вдоль реки Харьков к месту где позднее будет стоять Николаевская церковь.

         В 1653 году к харьковскому поселению прибивается первая группа черкас из 33 семей, которым по указу царя Алексея Михайловича было позволено постоянно проживать на этих землях. А ещё через год, когда приходит наибольшая партия переселенцев-черкас во главе с атаманом Иваном Васильевичем Кривошлыком, в которой только мужчин было более 500 человек, земли будут переданы от Николаевского собора г. Белгорода в пользование вновь прибывшим. Эти поселенцы и станут основной Харьковского слободского казачьего полка.

В 1654–1655 году будет возведена первая харьковская крепость которая была обнесена рвом и валом, а сверху вала стоял частокол из заостренных вверху дубовых бревен. С 1656 году харьковская крепость постепенно перестраивалась по более совершенному и капитальному образцу принятому в то время в Московском царстве. А с 1709 года она была расширена с севера.

         Крепость располагалась вдоль р. Лопани и имела форму близкую к прямоугольнику. Учитывая рельеф местности стены окружал ров с трех сторон, только западная сторона его не имела. В крепости было 10 башен, четыре из них угловые, три глухие и три проезжие. Самая высокая была Никольская башня – 19.5 м, которая служила вестовой. Проездные, или надвратные башни выходили на три основные дороги – Московскую, Чугуевскую и Лопанскую. Каждая из них была вооружена пищалью. Одна из глухих башен была Тайницкой, откуда шел подземный ход к тайному колодцу.

         С самого начала существования харьковской крепости в нем стала формироваться и будущая улица Университетская. Основой этого формирования послужил государев двор, в котором проживал воевода, там же хранилась казна, поначалу размещался запас пороха, соли, хлеба и тюрьма. Также улицу формировали приказная изба, съезжая изба, Успенская церковь (построенная в 1680-е годы каменной) и ряд других служебных построек, в том числе дома священников и служилых людей. В этой же части располагался и единственный в крепости колодезь.

         После 1709 года крепость была расширена с севера по указу царя Петра I и в её состав вошел полковничий двор с каменной Покровской церковью и первым в Харькове каменным жилым домом.       Его построил полковник Харьковского слободского казачьего полка Фёдор Григорьевич Донец-Захаржевский. После его смерти дом перешел во владение зятя Фёдора Донца – бригадира слободских полков Фёдора Владимировича Шидловского. Он на месте первого каменного дома построил каменный двухэтажный дом. После того как Шидловский попал в немилость и был выслан из Харькова, его дом стал входить в формируемый с 1726 года Покровский мужской монастырь, который считался училищным монастырем, с первым высшим учебным заведением на Левобережной Украине. Монастырские стены также повлияли на формирование будущей Университетской улицы, особенно каменная надвратная башня, на втором этаже которой в 1760-е годы разместили библиотеку Коллегиума.   

К 1767 году внутри крепости располагались губернаторский дом, губернская канцелярия, ратуша, пороховой погреб, гостиный двор, Успенский собор, Покровский монастырь и Коллегиум а также частные дома. Прежде всего стоило бы отметить дома генерал-аншефа графа Петра Девиера, майора Александра Дунина и гвардии майора Петра Щербинина. Все три дома располагались как раз по нынешней улице Университетской и представляли собой весьма обширные деревянные здания. Дома других владельцев были менее значимые, но тем не менее каждый из них располагался внутри крепости, ими владели майор Роман Шидловский, майор Красовский, грек Юрий Анадольский, сотник Чернега, подполковница Стремоухова, некто Григорий Прокопенко и священники: Базилевич, Гилевский, Жабокрицкий и Штанский.

Во время правления императрицы Екатерины II в Харькове пытались изготовить планы расширения и переустройства города, в первую очередь назначенного губернским архитектором Иваном Вильяновым. Однако все возможные благоустройства коснулись только самой крепости, на будущей Университетской улице были возведены губернаторский дворец, а также деревянные обложенные кирпичом дома вице-губернатора, магистрата, присудственных мест и гостиного двора, а также новый каменный Успенский собор.