Улицу которая шла от Николаевской площади к реке Харьков в 1804 году наименовали Подольской, собственно потому, что она располагалась на Подоле. Начиналась она у дома купца Марченко и шла мимо дома наследников коллежского асессора Ивана Васильевича Будянского, в конце её у реки Харьков с давних пор и даже в 1820-е годы располагался старые рыбные ряды и торговые лавки[1]. Уже по плану 1846 года назван Подольским переулком, в 1936 году носил имя Марата Жана, в годы оккупации вновь получил имя Подольский, по возвращении красной Армии в 1943 году опять назывался Марата Жана. Неизвестно по какой причине, но в 1945 году его опять переименовали в Подольский, а в 1968 году получил имя Гамарника, в честь большевика и армейского комиссара 1 ранга Яна Борисовича Гамарника. В 2015 году переулку вернули старинное имя – Подольский.

В Подольском переулке на углу с Рыбной улицей располагались с давних пор Еремеевские лавки, принадлежащие городу. В 1870-е годы они пришли в ветхость и стояли пустыми, став приютом для оборванцев и раклов, только в 1890-е годы здесь выстроили новые каменные ряды.

Часть переулка Подольского в 1860-е годы получила имя Костюринского, он начинался от Николаевской площади и шел к Рыбной улице.