Перші відомості про Миколаївську церкву відносяться до 1646 року, коли священники Миколаївського собору м. Білгорода заснували Миколаївській скіт. З появою у 1648 роціч слобідки, де проживали робітники собору, при скиті побудували першу невеличку дерев'яну церкву. 

У 1683 році ми бачимо першу згадку про дерев'яну Миколаївську церкву фортеці Харків, яка дала назву Микольській вістовій башті фортеці.

1733 рік, 3 травня. Дерев'яна Миколаївська церква згоріла під час пожежи. 

1735 рік. Побудована нова дерев'яна церква з дерев'яною окремою дзвіницею.

1764-1770 роки. Будується нова кам'яна Миколаївська церква. Дерев'чна дзвіниця залишається.

1832-1834 роки. Добудовано притвор.

1854 рік. Стара дерев'яна дзвіниця знесена.

1885 рік. Добудована кам'яна дзвіниця.

1894 рік. Стару кам'яну Миколаївську церкву розібрали.

1894-1896 роки. Побудовано новий кам'яний Миколаївський храм.

1922 рік. миколаївський собор передано Українській православній автокефальній церкви.

1929 рік. Миколаївський собор підірвано.