Первое упоминание церкви относится к XVII — первой половине XVIII вв. Это всего лишь запись размера налога, поступившего от церкви «св. пророка Илии да в приделе Василия Кесарийского в Обоянску на посаде в Казачьей слободе». Когда было построено и что собой представляло церковное здание, здесь не сказано. Более подробные данные содержатся в «Топографическом описании Курской губернии» (1784 г.): «во оной слободе церковь деревянная во имя Святого пророка Илии, при которой священно- и церковно-служительских дворов 4, во оных душ 12». Население церковного прихода состояло из однодворцев (118 дворов, 351 душа м. п.) и малороссиян, живущих своими дворами, т.е. на положении государственных крестьян (3 двора, 14 душ м. п.).

В 1841 г. было возведено новое здание храма. В клировой ведомости указано, что это было осуществлено тщанием помещика Козельского уезда Калужской губ. Николая Алексеевича Домбровского с участием прихожан.

Церковь имела в своем владении землю: 54 десятин пахотной, 3 десятины сенокосной, 2 десятины 600 кв. саженей усадебной с погостом. Количество населения слободы росло, к 1915 г. в сл. Казацкой и входящем в приход Ильинского храма х. Нагорном насчитывался 481 дом, из них духовенству принадлежало 3 (12 мужчин, 9 женщин), мещанам 2 (4 мужчины, 7 женщин), крестьянам 476 (1504 мужчин, 1513 женщин).

Ближайшими к Ильинскому храму были соборная Свято-Троицкая и Смоленская церкви г. Обояни.

Сильно поврежденный храм стоит и сейчас. Сохранилось его описание, составленное в 1923 г.: здание каменное, крестообразное, размером 36 арш. × 24 арш., отштукатуренное внутри и снаружи, окрашенное, покрытое железом, с двумя главами и прорезными железными крестами на них, с 22 окнами. Колокольня 3-ярусная, на ней колокола весом 316 пудов 10 фунтов, 92 пудов, 5 пудов и 4 небольших колокола. Вокруг церкви каменная ограда с железными дверьми с западной и южной сторон.

Алтари храма: главный – во имя святого пророка Илии, в южном приделе во имя преподобного Алексия Человека Божьего, в северном приделе – во имя мученицы Татьяны. Имеется подробное описание внутреннего убранства храма, его 3-ярусного резного иконостаса, увенчанного Святым Крестом. В среднем иконостасе - местные иконы Спасителя и Божией Матери, с правой стороны – храмовая икона св. пророка Илии, с левой – св. Василия Великого в металлических ризах, в рамах под стеклом; во 2-м ярусе – иконы двунадесятых праздников небольшого размера, на круглых досках, с резьбой; в 3-м ярусе – икона Явление Бога Аврааму в виде трех странников. Царские врата – резные с иконой Благовещения Божией Матери и четырех евангелистов, над ними – Святой Дух в сиянии, на правой двери икона Архангела Гавриила, на левой – Архангела Михаила.

В 1916 г. в церкви был произведен ремонт.

При церкви действовала церковно-приходская школа, для которой в 1903 г. построен был деревянный дом, крытый железом. В 1915 г. здесь обучалось 76 девочек, в церковной библиотеке имелось 40 книг (кроме богослужебных).

После выхода в свет декрета СНК РСФСР от 23.01.1918 г. Ильинский храм продолжал действовать на основании устава и договора, заключенного религиозной общиной и волисполкомом. Согласно декрету ВЦИК от 23.02.1922 г. из храма изъяты ценности – 12 предметов общим весом 8 фунтов 84 золотника (священные сосуды, ризы с икон, напрестольный крест).

Как видно из документов Обоянского райисполкома, богослужения в храме прекратились в 1935 г., это было объяснено отсутствием священника. Решение же о закрытии храма было принято президиумом облисполкома 5августа 1940 г. Колхоз им. Горького занял его под зернохранилище.

В 1956 г., когда проводилось обследование церковных зданий, расположенных вдоль автомагистрали Москва-Симферополь, эксперты отметили, что кровля у храма отсутствует, купол и колокольня сохранились, но без крестов, наружная штукатурка и карнизы обвалились, окна и двери заложены кирпичом. В 1940-х–1980 х гг. Ильинская церковь не действовала.

Документы церкви в Государственном архиве Курской области: клировая ведомость за 1915 г.; метрические книги за 1802, 1862, 1868-1905, 1911-1918 гг.

Постановлением губернатора Курской области №566 от 30.10.1998 г. Ильинская церковь поставлена на охрану как памятник культовой архитектуры регионального значения.